Boyabat İmam Hatip Lisesi  ilk olarak  10.10.1968  tarihinde,  şimdiki  hükümet  binasının karşısındaki bina ile Özel İdare binasının arasındaki bir  yerde eski bir  binada geçici  olarak  açılmıştır. O binanın  eski olması nedeniyle eski Kız Meslek  Lisesi,  şimdiki Ticaret Meslek Lisesi binasında 2  yıl eğitim ve öğretim  yaptıktan  sonra, İmam Hatip Lisesi Yaptırma ve Öğrencilerini Koruma Derneğince  yaptırılan  şimdiki  binamızda  29.10.1970 tarihinde eğitim ve öğretime geçilmiştir. Okulumuzun ilk müdürü rahmetli Hakkı MAVİŞ 'tir.
          Binamızın mülkiyeti  Boyabat İmam Hatip Lisesi  Yaptırma ve Öğrencilerini  Koruma derneği mülkiyetinde iken 29.06.1982 tarihinde hazineye, dolayısıyla Milli Eğitim Bakanlığına hibe olarak  devredilmiştir.

Okulumuz dört kattan oluşmaktadır:

Zemin kat
Müdür ve Müdür Yardımcısı Odaları, Atatürk Köşesi, Ödüllerimiz Köşesi, Memur Odası, Hizmetliler Odası, Fotokopi Odası, Hakkı  Maviş Konferans Salonu, Kantin, Çamaşırhane, Arşiv Odası, Nöbetçi Öğrenci Danışma Masası  ve Nöbetçi Belletici Öğretmen Odası.
1. kat
Öğretmenler odası, 1. ve 2. Bilgisayar Laboratuvarları, Uygulama Mescidi, Kız Öğrenciler WC Lavabo ve Mescidi, Öğretmen Çay Odası, 9-A-Anadolu, 9-B-Anadolu, 10-A-Anadolu ve 10-B-Anadolu Sınıfları.
2. kat
12-A, 12-B, 11-A, 11-B, 10-A, 9-A ve 9-B  Sınıfları, Kütüphane, Coğrafya Sınıfı, Fizik-Kimya-Biyoloji Laboratuarı ve Sınav Salonu.
3. kat
D.P.Y. Yatakhaneleri, Banyo-WC Lavabolar  bulunmaktadır.
Yemekhane bahçedeki diğer binanın alt katında yer almaktadır.
Okulumuz kaloriferli ve güneş enerjisiyle su ısıtma sistemlidir. Bahçemiz 4.198 m², binamızın alanı ise 1000 m²’ dir.
        Okulumuzun 1973 yılında açılan Devlet Parasız Yatılı Pansiyonunda 160 öğrenci barınmaktadır.
Okulumuz bünyesinde 2008-2009 öğretim yılından itibaren 2'şer şube olarak Anadolu İmam Hatip Lisesi kısmı da açılmıştır.
       Okulumuz ilk mezunlarını 1974-1975 öğretim yılında vermiştir. 1975-2009 yılları arasında okulumuzdan toplam 2100 öğrenci mezun olmuştur.